A fauna da Reserva é rica e diversificada, contento grupos característicos do Cerrado. Podem ser encontrados animais como o tamanduá-bandeira, o tatu-canastra, a anta, o veado-campeiro, o lobo guará, a suçuarana e a jaguatirica. Existem também espécies raras, endêmicas e ameaçadas de extinção. Entre estas destacam-se o macuquinho-de-brasília (Scytalopus novacapitalis) e o pirá-brasília (Cynolebias boitonei). A tabela abaixo permite visualizar a riqueza da fauna existente na RECOR comparativamente a outras Unidades de Conservação Tropicais.


Área e riqueza de espécies expressa em número de espécies nativas por km2 (valores entre parênteses), para alguns grupos da fauna de algumas das mais importantes Unidades de Conservação Tropicais, em comparação com a Reserva Ecológica do IBGE